当一项发明专利进入实质审查阶段，如果审查员对专利申请内容有疑问，通常会以《审查意见通知书》的形式将审查的意见和倾向性的结论通知申请人，申请人接到《审查意见通知书》可以选择以下几种方式处理：

1.同意国家知识产权局的审查意见，按照审查意见通知书的要求对其申请文件进行修改，使之符合《专利法》及其实施细则的规定。此后，国家知识产权局一般便可批准修改后的申请。

2.对国家知识产权局指出的缺陷表示同意，也同意修改，但不采纳或者不完全采纳国家知识产权局的修改建议，而是根据自己的意愿修改。如果国家知识产权局同意申请人的修改，可以批准修改后的申请;如果不同意，可以再次发出审查意见通知书，要求申请人再次修改其申请。这一过程原则上可以进行多次，直到国家知识产权局接受申请人的修改或者驳回该申请为止。

3.不同意国家知识产权局提出的审查意见，认为其申请不存在审查意见通知书指出的缺陷。在这种情况下，申请人可以提出相反的意见并说明理由。如果国家知识产权局接受申请人的意见，其申请可以得到批准;如果国家知识产权局不同意申请人的意见，则将再次发出审查意见通知书，重申原来的意见，或者作出驳回该发明专利申请的决定。

4.同意国家知识产权局认为其申请不具备授予专利权的可能，应当驳回的审查意见，不再陈述意见，待指定期限届满，该申请即被视为撤回。

答复审查意见时应注意的问题：

专利审查员审查专利申请的目的，一方面是为了发现申请文件中存在的缺陷，给申请人消除缺陷的机会，使专利申请被授权后权力更加稳定;另一方面，使申请人所要求的保护范围对公众而言更加公平、合理，不能存在将现有技术、公知技术囊括其中的现象。因此申请人在答复审查员发出的审查意见时，应理解专利审查的上述两个目的，并在此基础上确定答复的一些基本原则。具体而言，答复审查意见时应注意以下几个问题：

1.正面、直接地针对审查员的意见进行答复。

2.应努力争取最大的利益。

3.对申请文件进行修改时，不能超出原申请文件记载的范围。

4.有理、有利、有节，避免过激言辞。

5.按时完成并递交答复意见。