PCT国际申请包括两个阶段：国际阶段与国家阶段。

(1)PCT国际阶段

从申请人提交PCT申请开始，当然，《巴黎公》的优先权原则同样适用于PCT申请，因此，申请人可先在本国提交首次申请，并基于首次申请在优先权期限内提交PCT申请。PCT受理局受理PCT申请后，在优先权日(若未要求优先权则为申请日)起16个月内国际检索单位将制作国际检索报和书面意见，在优先权日起18个月内将由国际局公布国际申请及其检索报告。自优先权日起22个月内申请人有两个可选的程序：请求进行补充国际检索和提出国际初步审查要求，如果请求补充国际检索，自优先权日起28个月内区别于制作国际检索报告的其他国际检索单位将形成补充国际检索报告，如果申请人提出国际初步审查要求，国际初审单位将形成国际初步审查报告。

(2)PCT国家阶段

国际阶段结束后，申请人还需要按照各国国家局要求提交翻译文本、缴纳费用、指定代理人等工作后，该申请才进入相应国家的国家阶段，该申请将被按照相应国家的法律进行审查。

国内企业提交PCT申请时，可按如下程序进行：

(1)向中国国家知识产权局提交国内申请，以此作为优先权基础向中国局或国际局提交PCT申请(或者仅请求中国国家知识产权局进行保密审查，向国际局提交PCT请);

(2)准备翻译文本等申请文件，进入希望获得保护的国家的国家阶段;

(3)按照目标国家的程序继续审批程序。